Hola Javier,
Creo que el procedimiento correcto para realizar una modificación en el costo de un producto, es utilizando la transacción de Revalorización de Inventario. Esto al menos que estés utilizando Costeo Estándar.
La misma está en la siguiente vía Módulo de Inventario - Operaciones de Stock - Revalorización de inventario.
Estuve viendo la imagen y me surje una pregunta. Por qué estás manejando diferentes costos por almacén? Esta práctica es correcta o fué un error de parametrización inicial y lo tuvieron que manejar luego de esa forma.
Saludos